研究室マシン設定メモ

研究室で与えられたWindowsマシンにUbuntuをクリーンインストールしたときの初期設定メモ。 主な仕様一覧は次の表のとおり。

機種名 DELL OptiPlex 980 デスクトップ
CPU Intel Core i5 650 @ 3.2GHz
OS Ubuntu 12.04.2 LTS amd64
HDD 500GB
メモリ DDR3 1333MHz 4GB×2

論文管理・ファイル管理・パッケージ管理に、mendeleydesktop・dropboxをそれぞれインストール。
続いて、さしあたり必要そうな開発環境をインストール。

$ sudo apt-get install emacs gnuplot ipython mayavi2 inkscape synaptic

コンパイラ設定

ifortの最新版を入手。2013年8月時点で、Intel composer XE 2013が最新。コンパイラ、デバッガ、ライブラリの3点セット。個人利用、非商用理利用に限り無償で提供されます。メールアドレスなんかを登録すると、製品のシリアル番号が送られてきます。途中でg++, JRE, gcc-multilib, 32bitライブラリがないと言われるので、あらかじめインストール。

$ sudo apt-get install g++ openjdk-7jre gcc-multilib ia32-libs lib32stdc++6
（2014年8月21日追記： ia32-libs は廃止されたようです。）

全部済んだら、ダウンロードしたファイルをtar -zxvfで展開し、生成されたディレクトリに移動して

$ ./install.sh

でインストール実行。ライセンスを熟読。インストール先はデフォルト（/opt）のまま。
終わったら、.bashrcに環境変数の設定スクリプトを呼び出す文を追加します。

source (install directory)/bin/compilervars.sh intel64
source (install directory)/mkl/bin/mklvars.sh intel64 lp64

intel64引数で64bit版を指定しています。lp64は整数の扱いがデフォルトで4byteか8byteかを指定する引数で、4byteならlp64、8byteならilp64をそれぞれ指定。
以上でifortが使えるはず。MKL(Math Kernal Library)の使い方はまたいずれ。

論文執筆環境の設定

基本的にはaptですべて片付きます。とりあえず、LaTeXとREVTeXフォーマットが使えるようになるまで。

$ sudo apt-get install texlive-latex-base texlive-latex-extra texlive-publisher

Adobe Readerはデフォルトだとリポジトリにないので、手動で追加してからインストールします。

$ sudo add-apt-repository "deb http://archive.canonical.com/ precise partner"
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install acroread


これで大体揃ったかな。